Gli organi dell’Agenzia, ai sensi dell’art. 111 del D.lgs. 6.9.2011 n. 159 Codice delle leggi antimafia e delle misure di prevenzione, nonchè nuove disposizioni in materia di documentazione antimafia, a norma degli articoli 1 e 2 della legge 13 agosto 2010, n. 136, che restano in carica per quattro anni rinnovabili per una sola volta, sono:
a) il Direttore;
b) il Consiglio direttivo;
c) il Collegio dei revisori;
d) il Comitato consultivo di indirizzo.